diff --git a/.env.example b/.env.example
new file mode 100644
index 0000000..efc6358
--- /dev/null
+++ b/.env.example
@@ -0,0 +1,16 @@
+# llama-server base URL
+LLAMA_CPP_BASE_URL=http://127.0.0.1:8080
+
+# llama-server model names
+LLAMA_CPP_EMBEDDING_MODEL=embeddinggemma-300m
+LLAMA_CPP_MODEL=
+LLAMA_CPP_MODEL_PATH=models/embeddinggemma-300m-q4_0.gguf
+
+# Embedding dimension (384 for Gemma 3 300M)
+VEC_DIM=384
+
+# MCP Server port
+MCP_PORT=3000
+
+# Database path
+DB_PATH=data/vector.db
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index d2dbc3f..e69ade0 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -11,10 +11,11 @@
 *.lcov
 
 # logs
-logs
-_.log
-report.[0-9]_.[0-9]_.[0-9]_.[0-9]_.json
-# SQLite
+logs/
+*.log
+
+# SQLite & Data
+data/
 *.db
 *.db-journal
 
@@ -23,56 +24,28 @@
 !.vscode/launch.json
 !.vscode/tasks.json
 
-# MCP Config
-mcp.json
-
 # dotenv environment variable files
 .env
-.env.development.local
-.env.test.local
-.env.production.local
 .env.local
 
-# secrets / credentials
-*.pem
-*.key
-*.pfx
-*.p12
-*.crt
-*.cer
-*.der
-id_rsa
-id_rsa.pub
-secrets.json
-credentials.json
-.npmrc
-
-# caches
-.eslintcache
-.cache
-*.tsbuildinfo
-
-# IntelliJ based IDEs
-.idea
-
-# Finder (MacOS) folder config
-.DS_Store
-
 # Journals
 journals/
 
-# Rust/Tauri
+# Rust/Tauri (Build Artifacts)
 target/
-src-tauri/target/
-src-tauri/bin/*.exe
-src-tauri/bin/*.dll
-src-tauri/resources/*.dll
+src/backend/gen/
+
+# Binaries & DLLs
+bin/*.exe
+bin/*.dll
+resources/*.dll
+*.zip
+*_extracted/
 
 # Models
 models/
 *.gguf
 
-# Temp/Extracted
-*.zip
-*_extracted/
-src-tauri/build_error.txt
+# Compilation Artifacts
+src/backend/build_error*.txt
+src/backend/test_errors.txt
diff --git a/README.md b/README.md
index 24faf25..f626f04 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -38,6 +38,28 @@
 
 ---
 
+## 📁 ディレクトリ構成
+
+プロジェクトは、論理的な役割に基づいて以下のように「合理的」に整理されています。
+
+```text
+.
+├── bin/          # 🚀 サイドカーバイナリ (llama-server等)
+├── data/         # 🗄️ データベースファイル (vector.db)
+├── document/     # 📚 技術詳細ドキュメント
+├── journals/     # 開発の軌跡（非公開）
+├── logs/         # 📝 実行ログ (開発時)
+├── resources/    # 🎨 静的アセット (icons等)
+├── scripts/      # 🏗️ セットアップ・自動化スクリプト
+├── src/
+│   ├── backend/  # 🦀 Tauri / Rust (Core Source Only)
+│   └── frontend/ # ⚛️ Webview UI (React)
+├── target/       # 🏗️ ビルド成果物 (一括集約)
+└── test/         # 🧪 E2E / 統合テスト
+```
+
+---
+
 ## 🏗️ システムアーキテクチャ
 
 本システムは、高い分離性と連携性を両立した 3 レイヤー構造を採用しています。
@@ -80,29 +102,22 @@
 
 ### プリリクエスト
 
-- **Rust**: 1.75 以上
-- **Bun** (または Node.js): パッケージ管理用
-- **Vulkan 1.3 互換ドライバ**: GPU 加速を利用する場合
-
 ### 1. セットアップ
 
-専用のスクリプトを使用して、必要なバイナリとモデルを自動的に収集します。
+依存関係のインストールと、必要なバイナリ・モデルのダウンロードを一括で行います。
 
-```powershell
-# llama-server バイナリのダウンロード (Windows 用)
-pwsh -File scripts/setup-llama-server-vulkan.ps1
-
-# Gemma 3 300M モデルのダウンロード
-pwsh -File scripts/setup-model.ps1
+```bash
+bun install
+bun setup
 ```
 
 ### 2. 開発起動
 
 ```bash
-bun install
-bun tauri dev
+bun dev
 ```
 
+または、プロジェクトルートの `launch.cmd` をダブルクリックするだけでも起動可能です。
 起動後、システムトレイに 🦀 アイコンが表示されます。
 
 ---
diff --git a/package.json b/package.json
index 97978ba..057ad51 100644
--- a/package.json
+++ b/package.json
@@ -26,11 +26,9 @@
   "license": "ISC",
   "scripts": {
     "test": "bun test test/**/*.test.js",
-    "test:db": "bun test test/db.test.js",
-    "test:llama": "bun test test/llama-client.test.js",
-    "test:tools": "bun test test/mcp-tools.test.js",
-    "test:handlers": "bun test test/mcp-handlers.test.js",
-    "test:integration": "bun test test/integration.test.js",
+    "setup": "pwsh -File scripts/setup-llama-server-vulkan.ps1 && pwsh -File scripts/setup-model.ps1",
+    "dev": "tauri --config src/backend/tauri.conf.json dev",
+    "build": "tauri --config src/backend/tauri.conf.json build",
     "tauri": "tauri --config src/backend/tauri.conf.json",
     "test:watch": "bun test --watch test/**/*.test.js"
   },
diff --git a/src/backend/.cargo/config.toml b/src/backend/.cargo/config.toml
new file mode 100644
index 0000000..9766b81
--- /dev/null
+++ b/src/backend/.cargo/config.toml
@@ -0,0 +1,2 @@
+[build]
+target-dir = "../../target"