diff --git a/.agent/rules/documents.md b/.agent/rules/documents.md
index 36b75d7..9902ebf 100644
--- a/.agent/rules/documents.md
+++ b/.agent/rules/documents.md
@@ -4,6 +4,8 @@
 description:
 ---
 
-1. 詳細な設計がdocumentsにあるので、改造を計画する際に参照すること。
-2. ソースコードの編集が完了したら、`tools/count_loc.cjs` と `tools/nesting_depth.cjs` を使用して計測を行うこと。
-3. 計測の結果、ソースコードが600行以上、またはネストが7階層以上のコードについては、リファクタリングを検討すること。
+1. toolsは.gitignoreだがアクセスは許可されています。
+2. 詳細な設計がdocumentsにあるので、改造を計画する際に参照すること。
+3. ソースコードの編集が完了したら、`tools/count_loc.cjs` と
+   `tools/nesting_depth.cjs` を使用して計測を行うこと。
+4. 計測の結果、ソースコードが600行以上、またはネストが7階層以上のコードについては、リファクタリングを検討すること。
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index dd85a09..8a2719e 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -48,5 +48,7 @@
 tmp/*
 !tmp/.gitkeep
 
+tools/
+
 # Local helper/status files
 .git_status_output.txt
\ No newline at end of file
diff --git a/README.md b/README.md
index a31187c..1707471 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,6 +1,6 @@
 # TelosDB
 
-ローカル完結型セマンティック検索基盤 & MCPサーバー
+**Version 0.3.2** — ローカル完結型セマンティック検索基盤 & MCPサーバー
 
 ---
 
@@ -94,6 +94,14 @@
 
 ---
 
+## データの保存場所とアンインストール
+
+- **ユーザーデータ**（データベース `telos.db`、ログ、設定で利用する vec0.dll のコピー）は **`%APPDATA%\com.telosdb.app\`** に保存されます。
+- **アンインストール時**：NSIS インストーラのアンインストールは「インストール先フォルダ」のみを削除します。**`%APPDATA%\com.telosdb.app\` は削除されない**ため、telos.db をはじめとするユーザーデータは残ります。
+- **アップグレード時**：新しいバージョンを上書きインストールしても、同じフォルダのデータをそのまま利用するため、**データが消えて台無しになることはありません**。完全に消したい場合のみ、手動で `%APPDATA%\com.telosdb.app\` フォルダを削除してください。
+
+---
+
 ## リポジトリ
 
 https://gitbucket.tmworks.club/dtmoyaji/TelosDB
diff --git a/RELEASE_v0.2.5.md b/RELEASE_v0.2.5.md
deleted file mode 100644
index e14dec9..0000000
--- a/RELEASE_v0.2.5.md
+++ /dev/null
@@ -1,50 +0,0 @@
-# TelosDB v0.2.5 Release Notes
-
-TelosDB v0.2.5 へようこそ！
-今回のアップデートでは、AIエージェントとの連携をより強固にし、UXを飛躍的に向上させる「常駐モード」と「リアルタイムログ」、そして最新モデル「Gemma-3」への移行を実現しました。
-
-## 🚀 新機能 (Major Features)
-
-### 1. 常駐モード (Resident Mode) の導入
-
-- ウィンドウを閉じてもアプリケーションがシステムトレイ（画面右下）に常駐し、MCPサーバーとしての稼働を継続するようになりました。
-- タスクトレイアイコンから、ワンクリックでのウィンドウ表示/非表示の切り替え、および明示的な「終了」が可能。
-
-### 2. アクティビティログ (MCP Activity Visualization)
-
-- AIエージェント（Claude/Cursor等）がどのツールをいつ呼び出したかを、UI上でリアルタイムに確認できるようになりました。
-- SSE (Server-Sent Events) プロトコルにより、バックエンドの挙動を即座に可視化。
-
-### 3. 最新モデル Gemma-3 (270M IT) への完全移行
-
-- 推論エンジンを最適化し、軽量かつ高性能な Gemma-3 270M モデルを標準採用。
-- ビルド時リソースの最適化により、インストーラーサイズを大幅に削減（約240MB）。
-
-### 4. 自己修復型データベース (Self-healing DB)
-
-- モデル変更に伴う埋め込み次元（640次元）の変更を自動検知。
-- 起動時にバックグラウンドで不足しているベクトルを自動生成（ヒーリング）する機能を実装。
-
-### 5. フル機能の MCP CRUD ツール群
-
-- 以下のツールがすべて安定版として利用可能になりました。
-  - `add_item_text`: 文章の自動ベクトル化・登録
-  - `search_text`: 高精度なセマンティック検索
-  - `update_item`: 既存データの更新
-  - `delete_item`: データの完全削除
-
----
-
-## 🛠 改善・修正 (Improvements & Fixes)
-
-- **UI/UX**: ガラスモーフィズムを採用した洗練されたデザインへの完全刷新。
-- **安定性**: MCPプロトコル準拠の強化（LM Studio 等の最新クライアントとの接続性向上）。
-- **安定性**: 重複するDB接続コネクションの共有化によるメモリ消費の削減。
-- **配布**: インストーラー形式を WiX (MSI) から NSIS (EXE) に変更し、環境依存のトラブルを解消。
-
----
-
-## 📦 インストール方法
-
-添付の `TelosDB_0.2.5_x64-setup.exe` をダウンロードし、実行してください。
-既に旧バージョンがインストールされている場合は、上書きインストールが可能です。
diff --git a/RELEASE_v0.3.2.md b/RELEASE_v0.3.2.md
new file mode 100644
index 0000000..e40621b
--- /dev/null
+++ b/RELEASE_v0.3.2.md
@@ -0,0 +1,54 @@
+# TelosDB v0.3.2 Release Notes
+
+TelosDB v0.3.2 へようこそ！
+今回のリリースでは、MCP でのドキュメント件数取得（Issue #5）、MCP ACTIVITY 表示の修正、トレイアイコンの安定化、LSA の自動再学習、インデックス状態の GUI 表示、文書一覧のプレビュー表示、サイドバーの整理に加え、**OS ログイン時の自動起動**（Issue #6）を設定で有効・無効できるようにしました。
+
+## 🚀 新機能 (Major Features)
+
+### 1. MCP ドキュメント件数取得 (get_document_count - Issue #5)
+
+- MCP ツール `get_document_count` を追加しました。格納されている**ドキュメント数**（`documents` テーブルの件数）を返します。
+- HTTP エンドポイント `/doc_count` および UI ヘッダーの「X docs」表示も、すべてドキュメント数で統一しました。
+
+### 2. LSA の自動再学習 (Auto LSA Retraining)
+
+- ドキュメントの追加・更新・削除があったとき、変更件数が閾値を超えたタイミングで、90 秒のデバウンス後にバックグラウンドで LSA モデルの再学習を自動実行するようにしました。
+- 閾値は「登録ドキュメント数の 20%」と「5 件」の**少ない方**です。
+
+### 3. インデックス状態の GUI 表示
+
+- ヘッダーに「LSA学習中…」「ベクトル同期中…」用のバッジを追加しました。
+- 起動時・RE-INDEX 実行時・自動再学習時に、インデックス構築の進行状況がリアルタイムで確認できます。
+
+### 4. OS ログイン時の自動起動 (Issue #6)
+
+- **設定**パネルに「OSにログインしたときに自動で起動する」オプションを追加しました。
+- オンにすると、Windows のサインイン時に TelosDB が自動で起動し、トレイに常駐します。オフにすると従来どおり手動起動のみです。
+
+---
+
+## 🛠 改善・修正 (Improvements & Fixes)
+
+### MCP
+
+- **MCP ACTIVITY が空になる不具合**: ツール呼び出し時に `mcp:call:<method>` を SSE でブロードキャストするようにし、検索パネル下部の MCP ACTIVITY にメソッド名が表示されるようになりました。
+
+### UI・操作性
+
+- **トレイアイコン**: タスクトレイのアイコンをクリックするとウィンドウが一瞬開いてすぐ閉じる事象を修正。左クリックに 400ms のデバウンスを導入しました。
+- **文書一覧**: 文書管理テーブルに「先頭（chunk0）」列を追加。各ドキュメントのチャンク 0 の先頭 15 文字を表示し、一覧から内容を把握しやすくしました。
+- **サイドバー**: 左サイドバー下部の TelosDB アコーディオンと著作権表示を削除し、「検索・文書管理・設定」のナビのみのシンプルな構成にしました。
+
+---
+
+## 📦 ビルド・インストール
+
+リポジトリルートで次を実行する。
+
+```bash
+npm install
+npm run tauri build
+```
+
+- 配布用の NSIS インストーラ等は `src/backend/target/release/bundle/` 以下に出力される。ファイル名は `TelosDB_0.3.2_x64-setup.exe` です。
+- 初回起動時に vec0.dll がアプリデータフォルダへコピーされる。問題が発生した場合は `%APPDATA%\com.telosdb.app\logs\telos.log` で原因を確認できる。
diff --git a/docs/specification/03_database_specification.md b/docs/specification/03_database_specification.md
index aad0a0c..e1e3ae9 100644
--- a/docs/specification/03_database_specification.md
+++ b/docs/specification/03_database_specification.md
@@ -82,4 +82,4 @@
 
 ### 4.5 `internal_metadata` (内部管理テーブル)
 
-システムバージョン（`0.3.0`）等を保持し、スキーマの互換性を管理します。
+システムバージョン（`0.3.2`）等を保持し、スキーマの互換性を管理します。
diff --git a/package-lock.json b/package-lock.json
index 431f751..f29d9c1 100644
--- a/package-lock.json
+++ b/package-lock.json
@@ -1,12 +1,12 @@
 {
   "name": "telos-db",
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "lockfileVersion": 3,
   "requires": true,
   "packages": {
     "": {
       "name": "telos-db",
-      "version": "0.3.0",
+      "version": "0.3.2",
       "dependencies": {
         "@modelcontextprotocol/sdk": "^1.26.0",
         "@tauri-apps/api": "^2.10.1",
diff --git a/package.json b/package.json
index 34ae86a..2f4d5e2 100644
--- a/package.json
+++ b/package.json
@@ -1,7 +1,7 @@
 {
   "name": "telos-db",
   "private": true,
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "type": "module",
   "scripts": {
     "tauri": "tauri",
diff --git a/src/backend/Cargo.lock b/src/backend/Cargo.lock
index 2cefeaf..1cb665e 100644
--- a/src/backend/Cargo.lock
+++ b/src/backend/Cargo.lock
@@ -168,7 +168,7 @@
 
 [[package]]
 name = "app"
-version = "0.3.0"
+version = "0.3.2"
 dependencies = [
  "anyhow",
  "axum",
diff --git a/src/backend/Cargo.toml b/src/backend/Cargo.toml
index 88f4257..2d49d11 100644
--- a/src/backend/Cargo.toml
+++ b/src/backend/Cargo.toml
@@ -1,7 +1,7 @@
 
 [package]
 name = "app"
-version = "0.3.0"
+version = "0.3.2"
 description = "A Tauri App"
 authors = ["you"]
 license = ""
diff --git a/src/backend/src/lib.rs b/src/backend/src/lib.rs
index efa733a..5577b89 100644
--- a/src/backend/src/lib.rs
+++ b/src/backend/src/lib.rs
@@ -7,6 +7,62 @@
 fn get_model_name() -> String {
     MODEL_NAME.to_string()
 }
+/// アプリデータディレクトリの settings.json を読み、再インストール後も設定を継承する
+#[tauri::command]
+fn get_app_settings(app: tauri::AppHandle) -> Result<serde_json::Value, String> {
+    let path = app
+        .path()
+        .app_data_dir()
+        .map_err(|e| e.to_string())?
+        .join("settings.json");
+    let default = serde_json::json!({
+        "min_score": 0.3,
+        "limit": 10,
+        "run_on_login": false
+    });
+    if !path.exists() {
+        log::info!("get_app_settings: no file at {:?}, returning default", path);
+        return Ok(default);
+    }
+    let s = std::fs::read_to_string(&path).map_err(|e| e.to_string())?;
+    log::info!("get_app_settings: read from {:?}, content len={}", path, s.len());
+    let loaded: serde_json::Value = serde_json::from_str(&s).map_err(|e| e.to_string())?;
+    let def = default.as_object().unwrap();
+    let empty: serde_json::Map<String, serde_json::Value> = serde_json::Map::new();
+    let obj = loaded.as_object().unwrap_or(&empty);
+    let run_on_login = obj
+        .get("run_on_login")
+        .or(def.get("run_on_login"))
+        .and_then(|v| v.as_bool().or_else(|| v.as_i64().map(|n| n != 0)))
+        .unwrap_or(false);
+    let merged = serde_json::json!({
+        "min_score": obj.get("min_score").or(def.get("min_score")).unwrap_or(&serde_json::json!(0.3)),
+        "limit": obj.get("limit").or(def.get("limit")).unwrap_or(&serde_json::json!(10)),
+        "run_on_login": run_on_login
+    });
+    log::info!("get_app_settings: returning run_on_login={}", run_on_login);
+    Ok(merged)
+}
+
+/// アプリデータディレクトリの settings.json に保存
+#[tauri::command]
+fn set_app_settings(app: tauri::AppHandle, settings: serde_json::Value) -> Result<(), String> {
+    let dir = app.path().app_data_dir().map_err(|e| e.to_string())?;
+    std::fs::create_dir_all(&dir).map_err(|e| e.to_string())?;
+    let path = dir.join("settings.json");
+    let to_write = if settings.get("min_score").is_some() || settings.get("run_on_login").is_some() {
+        settings.clone()
+    } else if let Some(inner) = settings.get("settings").and_then(|v| v.as_object()) {
+        serde_json::to_value(inner).unwrap_or(settings)
+    } else {
+        settings
+    };
+    let s = serde_json::to_string_pretty(&to_write).map_err(|e| e.to_string())?;
+    std::fs::write(&path, &s).map_err(|e| e.to_string())?;
+    log::info!("set_app_settings: wrote to {:?}, run_on_login={:?}", path, to_write.get("run_on_login"));
+    Ok(())
+}
+
 // Read last N lines from the log file for UI consumption
 #[tauri::command]
 fn read_logs(limit: Option<usize>) -> Result<String, String> {
@@ -119,7 +175,12 @@
                 .max_file_size(10 * 1024 * 1024)
                 .build()
         })
-            .invoke_handler(tauri::generate_handler![get_model_name, read_logs])
+            .invoke_handler(tauri::generate_handler![
+            get_model_name,
+            read_logs,
+            get_app_settings,
+            set_app_settings,
+        ])
         .setup({
             let llama_child = llama_child.clone();
             move |app| {
@@ -312,7 +373,7 @@
                 tauri::async_runtime::spawn({
                     let pool = pool.clone();
                     async move {
-                        mcp::run_server(3001, pool, llama_status, MODEL_NAME.to_string()).await;
+                        mcp::run_server(3001, app_data_dir.clone(), pool, llama_status, MODEL_NAME.to_string()).await;
                     }
                 });
 
diff --git a/src/backend/src/mcp/handlers.rs b/src/backend/src/mcp/handlers.rs
index b079b53..1a7881b 100644
--- a/src/backend/src/mcp/handlers.rs
+++ b/src/backend/src/mcp/handlers.rs
@@ -33,6 +33,88 @@
     Json(serde_json::json!({ "status": status }))
 }
 
+pub async fn version_handler() -> impl IntoResponse {
+    Json(serde_json::json!({ "version": env!("CARGO_PKG_VERSION") }))
+}
+
+fn settings_default() -> serde_json::Value {
+    serde_json::json!({
+        "min_score": 0.3,
+        "limit": 10,
+        "run_on_login": false
+    })
+}
+
+pub async fn settings_get_handler(State(state): State<AppState>) -> impl IntoResponse {
+    log::info!("[server] GET /settings 受信");
+    let path = state.app_data_dir.join("settings.json");
+    let default = settings_default();
+    if !path.exists() {
+        log::info!("settings_get: no file at {:?}, returning default", path);
+        return Json(default);
+    }
+    match tokio::fs::read_to_string(&path).await {
+        Ok(s) => {
+            log::info!("settings_get: read from {:?}, len={}", path, s.len());
+            match serde_json::from_str::<serde_json::Value>(&s) {
+                Ok(loaded) => {
+                    let empty: serde_json::Map<String, serde_json::Value> = serde_json::Map::new();
+                    let obj = loaded.as_object().unwrap_or(&empty);
+                    let run_on_login = obj
+                        .get("run_on_login")
+                        .and_then(|v| v.as_bool().or_else(|| v.as_i64().map(|n| n != 0)))
+                        .unwrap_or(false);
+                    let merged = serde_json::json!({
+                        "min_score": obj.get("min_score").and_then(|v| v.as_f64()).unwrap_or(0.3),
+                        "limit": obj.get("limit").and_then(|v| v.as_i64()).unwrap_or(10),
+                        "run_on_login": run_on_login
+                    });
+                    log::info!("settings_get: returning run_on_login={}", run_on_login);
+                    Json(merged)
+                }
+                Err(_) => Json(default),
+            }
+        }
+        Err(e) => {
+            log::warn!("settings_get: read error {:?}", e);
+            Json(default)
+        }
+    }
+}
+
+pub async fn settings_post_handler(
+    State(state): State<AppState>,
+    axum::Json(payload): axum::Json<serde_json::Value>,
+) -> impl IntoResponse {
+    log::info!("[server] POST /settings 受信: payload = {:?}", payload);
+    let dir = &state.app_data_dir;
+    if let Err(e) = tokio::fs::create_dir_all(dir).await {
+        log::error!("settings_post: create_dir_all {:?}", e);
+        return (axum::http::StatusCode::INTERNAL_SERVER_ERROR, Json(serde_json::json!({"error": "failed to create dir"})));
+    }
+    let to_write = if payload.get("min_score").is_some() || payload.get("run_on_login").is_some() {
+        payload.clone()
+    } else if let Some(inner) = payload.get("settings").and_then(|v| v.as_object()) {
+        serde_json::to_value(inner).unwrap_or(payload)
+    } else {
+        payload
+    };
+    let path = dir.join("settings.json");
+    let s = match serde_json::to_string_pretty(&to_write) {
+        Ok(s) => s,
+        Err(e) => {
+            log::error!("settings_post: to_string {:?}", e);
+            return (axum::http::StatusCode::BAD_REQUEST, Json(serde_json::json!({"error": "invalid json"})));
+        }
+    };
+    if let Err(e) = tokio::fs::write(&path, &s).await {
+        log::error!("settings_post: write {:?}", e);
+        return (axum::http::StatusCode::INTERNAL_SERVER_ERROR, Json(serde_json::json!({"error": "failed to write"})));
+    }
+    log::info!("settings_post: wrote to {:?}, run_on_login={:?}", path, to_write.get("run_on_login"));
+    (axum::http::StatusCode::OK, Json(serde_json::json!({"ok": true})))
+}
+
 #[allow(dead_code)]
 #[derive(Deserialize)]
 pub struct SseQuery {
diff --git a/src/backend/src/mcp/mod.rs b/src/backend/src/mcp/mod.rs
index 68b73e6..d9b2f5c 100644
--- a/src/backend/src/mcp/mod.rs
+++ b/src/backend/src/mcp/mod.rs
@@ -27,12 +27,15 @@
         .route("/doc_count", get(handlers::doc_count_handler))
         .route("/model_name", get(handlers::model_name_handler))
         .route("/indexing_status", get(handlers::indexing_status_handler))
+        .route("/version", get(handlers::version_handler))
+        .route("/settings", get(handlers::settings_get_handler).post(handlers::settings_post_handler))
         .layer(cors)
         .with_state(state)
 }
 
 pub async fn run_server(
     port: u16,
+    app_data_dir: std::path::PathBuf,
     db_pool: sqlx::SqlitePool,
     llama_status: Arc<RwLock<String>>,
     model_name: String,
@@ -41,6 +44,7 @@
     let tokenizer = Arc::new(crate::utils::tokenizer::JapaneseTokenizer::new().unwrap());
     
     let state = AppState {
+        app_data_dir,
         db_pool,
         tx,
         llama_status,
@@ -84,9 +88,9 @@
     Query(query): Query<MessageQuery>,
     body: Bytes,
 ) -> Response {
-    // 1. Raw body logging for diagnostics
+    // 1. Raw body logging for diagnostics (サーバーコンソールに操作時の受信メッセージを出力)
     let body_str = String::from_utf8_lossy(&body);
-    log::info!("MCP Incoming RAW Request: {}", body_str);
+    log::info!("[server] MCP 受信: {}", body_str);
 
     // 2. Manual JSON parsing to avoid silent extraction errors
     let req: JsonRpcRequest = match serde_json::from_slice(&body) {
diff --git a/src/backend/src/mcp/types.rs b/src/backend/src/mcp/types.rs
index fcc1f36..6819f7c 100644
--- a/src/backend/src/mcp/types.rs
+++ b/src/backend/src/mcp/types.rs
@@ -3,12 +3,14 @@
 use crate::utils::tokenizer::JapaneseTokenizer;
 use hnsw_rs::prelude::*;
 use std::collections::HashMap;
+use std::path::PathBuf;
 use std::sync::atomic::{AtomicBool, AtomicU64};
 use std::sync::Arc;
 use tokio::sync::{broadcast, mpsc, RwLock};
 
 #[derive(Clone)]
 pub struct AppState {
+    pub app_data_dir: PathBuf,
     pub db_pool: sqlx::SqlitePool,
     pub tx: broadcast::Sender<String>,
     pub llama_status: Arc<RwLock<String>>,
diff --git a/src/backend/tauri.conf.json b/src/backend/tauri.conf.json
index 4ede0d0..12c704e 100644
--- a/src/backend/tauri.conf.json
+++ b/src/backend/tauri.conf.json
@@ -1,12 +1,13 @@
 {
   "$schema": "../../node_modules/@tauri-apps/cli/config.schema.json",
   "productName": "TelosDB",
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "identifier": "com.telosdb.app",
   "build": { "frontendDist": "../frontend" },
   "app": {
     "windows": [{ "title": "TelosDB", "width": 800, "height": 600, "resizable": true, "fullscreen": false }],
-    "security": { "csp": null }
+    "security": { "csp": null },
+    "withGlobalTauri": true
   },
   "bundle": {
     "active": true,
diff --git a/src/frontend/components/main-panel.js b/src/frontend/components/main-panel.js
index 0a6feaf..8b4d9ed 100644
--- a/src/frontend/components/main-panel.js
+++ b/src/frontend/components/main-panel.js
@@ -112,10 +112,14 @@
     const SETTINGS_KEY = 'telosdb_settings';
     const DEFAULTS = { min_score: 0.3, limit: 10, run_on_login: false };
 
-    const loadSettingsIntoForm = () => {
+    const loadSettingsIntoForm = (settingsOverrides) => {
       try {
-        const raw = localStorage.getItem(SETTINGS_KEY);
-        const s = raw ? { ...DEFAULTS, ...JSON.parse(raw) } : DEFAULTS;
+        const s = settingsOverrides != null
+          ? { ...DEFAULTS, ...settingsOverrides }
+          : (() => {
+              const raw = localStorage.getItem(SETTINGS_KEY);
+              return raw ? { ...DEFAULTS, ...JSON.parse(raw) } : DEFAULTS;
+            })();
         const minScoreEl = this.querySelector('#setting-min-score');
         const limitEl = this.querySelector('#setting-limit');
         const runOnLoginEl = this.querySelector('#setting-run-on-login');
@@ -132,29 +136,102 @@
       }
     };
 
-    this.showPanel = (panelId) => {
-      const panels = this.querySelectorAll('.panel');
-      panels.forEach(p => p.classList.add('hidden'));
-      switch (panelId) {
-        case 'docs':
-          this.querySelector('#panel-docs').classList.remove('hidden');
-          break;
-        case 'settings':
-          this.querySelector('#panel-settings').classList.remove('hidden');
-          loadSettingsIntoForm();
-          break;
-        default:
-          this.querySelector('#panel-search').classList.remove('hidden');
+    const API_BASE = (typeof window !== 'undefined' && window.API_BASE) ? window.API_BASE : 'http://127.0.0.1:3001';
+
+    // Tauri 内では invoke でアプリデータの settings.json を直接読む（MCP 起動待ち不要で永続化が確実）
+    const loadSettingsFromFile = async () => {
+      try {
+        const { invoke } = await import('@tauri-apps/api/core');
+        const fileSettings = await invoke('get_app_settings');
+        if (fileSettings && typeof fileSettings === 'object') {
+          return {
+            min_score: fileSettings.min_score ?? DEFAULTS.min_score,
+            limit: fileSettings.limit ?? DEFAULTS.limit,
+            run_on_login: Boolean(fileSettings.run_on_login),
+          };
+        }
+      } catch (_) {
+        // Tauri 外（ブラウザ等）または invoke 失敗時は HTTP で取得
+        try {
+          const res = await fetch(`${API_BASE}/settings`);
+          if (!res.ok) return null;
+          const fileSettings = await res.json();
+          if (fileSettings && typeof fileSettings === 'object') {
+            return {
+              min_score: fileSettings.min_score ?? DEFAULTS.min_score,
+              limit: fileSettings.limit ?? DEFAULTS.limit,
+              run_on_login: Boolean(fileSettings.run_on_login),
+            };
+          }
+        } catch (_) {}
+      }
+      return null;
+    };
+
+    const saveSettingsToFile = async (payload) => {
+      try {
+        const { invoke } = await import('@tauri-apps/api/core');
+        await invoke('set_app_settings', { settings: payload });
+        return true;
+      } catch (_) {
+        try {
+          const res = await fetch(`${API_BASE}/settings`, {
+            method: 'POST',
+            headers: { 'Content-Type': 'application/json' },
+            body: JSON.stringify(payload),
+          });
+          return res.ok;
+        } catch (_) {
+          return false;
+        }
       }
     };
+
+    this.showPanel = (panelId) => {
+      const panels = this.querySelectorAll('.panel');
+      panels.forEach((p) => p && p.classList.add('hidden'));
+      const target =
+        panelId === 'docs'
+          ? this.querySelector('#panel-docs')
+          : panelId === 'settings'
+            ? this.querySelector('#panel-settings')
+            : this.querySelector('#panel-search');
+      if (target) target.classList.remove('hidden');
+      if (panelId === 'settings') {
+        (async () => {
+          try {
+            const fromFile = await loadSettingsFromFile();
+            if (fromFile) {
+              loadSettingsIntoForm(fromFile);
+              localStorage.setItem(SETTINGS_KEY, JSON.stringify(fromFile));
+            } else {
+              loadSettingsIntoForm();
+            }
+          } catch (_) {
+            loadSettingsIntoForm();
+          }
+        })();
+      }
+    };
+    // 起動時: 再インストール後も継承するため Tauri の場合はアプリデータの settings.json から読む
+    loadSettingsIntoForm();
+
     // default show search
     this.showPanel('search');
 
-    // 起動時に保存済みの「ログイン時自動起動」をOSに反映
     (async () => {
       try {
-        const raw = localStorage.getItem(SETTINGS_KEY);
-        const s = raw ? { ...DEFAULTS, ...JSON.parse(raw) } : DEFAULTS;
+        let s = (() => {
+          const raw = localStorage.getItem(SETTINGS_KEY);
+          return raw ? { ...DEFAULTS, ...JSON.parse(raw) } : DEFAULTS;
+        })();
+        await new Promise((r) => setTimeout(r, 0));
+        const fromFile = await loadSettingsFromFile();
+        if (fromFile) {
+          s = fromFile;
+          loadSettingsIntoForm(s);
+          localStorage.setItem(SETTINGS_KEY, JSON.stringify(s));
+        }
         const autostart = await import('@tauri-apps/plugin-autostart').catch(() => null);
         if (autostart) {
           if (s.run_on_login) await autostart.enable();
@@ -163,6 +240,13 @@
       } catch (_) {}
     })();
 
+    const runOnLoginCheckbox = this.querySelector('#setting-run-on-login');
+    if (runOnLoginCheckbox) {
+      runOnLoginCheckbox.addEventListener('change', () => {
+        console.log('[TelosDB] 自動起動:', runOnLoginCheckbox.checked ? 'オン' : 'オフ');
+      });
+    }
+
     const saveBtn = this.querySelector('#settings-save-btn');
     const feedbackEl = this.querySelector('#settings-feedback');
     if (saveBtn && feedbackEl) {
@@ -185,7 +269,10 @@
           } catch (_) {
             // ブラウザなど Tauri 外では無視
           }
-          localStorage.setItem(SETTINGS_KEY, JSON.stringify({ min_score, limit, run_on_login }));
+          const payload = { min_score, limit, run_on_login };
+          console.log('[TelosDB] 保存: run_on_login =', run_on_login);
+          await saveSettingsToFile(payload);
+          localStorage.setItem(SETTINGS_KEY, JSON.stringify(payload));
           if (minScoreEl) minScoreEl.value = String(min_score);
           if (limitEl) limitEl.value = String(limit);
           if (runOnLoginEl) runOnLoginEl.checked = run_on_login;
@@ -217,8 +304,6 @@
     }
 
     // --- 文書管理パネル ---
-    const API_BASE = typeof window !== 'undefined' && window.API_BASE ? window.API_BASE : 'http://127.0.0.1:3001';
-
     const callMcp = async (method, params = {}) => {
       const res = await fetch(`${API_BASE}/messages`, {
         method: 'POST',
diff --git a/src/frontend/components/site-footer.js b/src/frontend/components/site-footer.js
index d602bbf..27b26f3 100644
--- a/src/frontend/components/site-footer.js
+++ b/src/frontend/components/site-footer.js
@@ -1,3 +1,5 @@
+const API_BASE = typeof window !== 'undefined' && window.API_BASE ? window.API_BASE : 'http://127.0.0.1:3001';
+
 class SiteFooter extends HTMLElement {
   connectedCallback() {
     if (this._initialized) return;
@@ -5,9 +7,25 @@
     this.className = 'site-footer';
     this.innerHTML = `
       <div class="footer-inner">
+        <span class="footer-version" aria-label="アプリバージョン">v...</span>
         <span>&copy; 2026 DtmOjaji</span>
       </div>
     `;
+    this._fetchVersion();
+  }
+
+  async _fetchVersion() {
+    const el = this.querySelector('.footer-version');
+    if (!el) return;
+    try {
+      const res = await fetch(`${API_BASE}/version`);
+      const data = await res.json();
+      if (data && typeof data.version === 'string') {
+        el.textContent = `v${data.version}`;
+      }
+    } catch {
+      el.textContent = 'v?';
+    }
   }
 }
 
diff --git a/src/frontend/index.html b/src/frontend/index.html
index fea7bb6..8655ba9 100644
--- a/src/frontend/index.html
+++ b/src/frontend/index.html
@@ -21,7 +21,9 @@
     <div class="layout">
       <app-sidebar></app-sidebar>
       <main class="main-content">
-        <main-panel></main-panel>
+        <main-panel>
+          <div class="main-panel-loading" aria-live="polite">読み込み中...</div>
+        </main-panel>
       </main>
     </div>
   </div>
diff --git a/src/frontend/styles.css b/src/frontend/styles.css
index 47a5fa8..b4c3103 100644
--- a/src/frontend/styles.css
+++ b/src/frontend/styles.css
@@ -200,43 +200,86 @@
 /* Main Panel */
 .main-content {
   flex: 1;
+  min-height: 0;
   height: 100%;
   background: var(--bg-main);
   overflow: hidden;
-}
-
-.main-panel {
-  height: 100%;
   display: flex;
   flex-direction: column;
 }
 
+/* カスタム要素は既定で inline のため、確実にブロックで高さを確保 */
+main-panel,
+.main-panel {
+  display: flex;
+  flex-direction: column;
+  flex: 1;
+  min-height: 0;
+  height: 100%;
+  width: 100%;
+  background: var(--bg-main, #0a0a0c);
+}
+
+/* JS で innerHTML が差し替わるまでのフォールバック表示 */
+.main-panel-loading {
+  padding: 24px;
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
+  font-size: 0.95rem;
+}
+
 .panel {
   flex: 1;
   display: flex;
   flex-direction: column;
   padding: 24px;
-  animation: panelFadeIn 0.2s ease-out;
   min-height: 0;
   /* CRITICAL: allows flex child to shrink and scroll */
+  background: var(--bg-main, #0a0a0c);
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
 }
 
-@keyframes panelFadeIn {
-  from {
-    opacity: 0;
-    transform: translateY(4px);
-  }
+/* パネル内のテキスト・フォームが必ず見えるように */
+.panel h2,
+.panel label,
+.panel legend,
+.panel .empty-state,
+.panel .settings-form,
+.panel .setting-row {
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
+}
 
-  to {
-    opacity: 1;
-    transform: translateY(0);
-  }
+.panel input,
+.panel button {
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
+  background: var(--bg-surface, #121214);
+}
+
+/* 検索・文書パネルも確実に表示されるように */
+.panel-search,
+.panel-docs {
+  background: var(--bg-main, #0a0a0c);
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
 }
 
 .panel.hidden {
   display: none;
 }
 
+.panel-settings {
+  background: var(--bg-main, #0a0a0c);
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
+  overflow-y: auto;
+}
+
+.panel-settings h2,
+.panel-settings .settings-form,
+.panel-settings .setting-row label,
+.panel-settings legend,
+.panel-settings input,
+.panel-settings button {
+  color: var(--text-primary, #ffffff);
+}
+
 .settings-form {
   margin-top: 8px;
 }