リファクタリング実施・仕様反映・計画削除（ジャーナル 202603-012） ...

- Phase1-5: build_app_state, doc_count/DBラップ, tools/registry, get_query_vector
- 02/05 仕様にバックエンド構成・開発ガイドを追記
- docs/README から refactor 計画の記載を削除
- plans/refactor は削除済み（仕様に反映済み）
- 新規: mcp/tools/registry.rs

Made-with: Cursor