docs: update documentation to align with v0.2.5 features and architecture

feat: MCPプロトコル完全準拠(SSE/非同期レスポンス対応) & ビルド環境・DLL競合の解消

docs: 仕様書スイートの刷新、リポジトリの徹底クリーンアップ、およびUI・機能拡張の統合 ...

- document/: 断片化した11個のドキュメントを6つの正式仕様書(01-06)へ統合・刷新。
- .gitignore: ビルド成果物、一時ログ、テストDB等を網羅的に除外するように強化。
- cleanup: ルートおよびsrc/backend内の不要な一時ファイル、ログ、アーカイブを削除。
- merge: デタッチドHEAD状態の成果をマスターに統合準備。