docs: 各仕様書に設計思想、背景、詳細な役割分担などの解説を追記し、内容を充実化

fix: Mermaid図の文法エラーを修正（互換性の高い構文へ変更）

docs: 仕様書のリフレッシュ（sqlite-vecへの統一、実装整合の反映）と関連ファイルの整理

docs: update documentation to align with v0.2.5 features and architecture

docs: 仕様書スイートの刷新、リポジトリの徹底クリーンアップ、およびUI・機能拡張の統合 ...

- document/: 断片化した11個のドキュメントを6つの正式仕様書(01-06)へ統合・刷新。
- .gitignore: ビルド成果物、一時ログ、テストDB等を網羅的に除外するように強化。
- cleanup: ルートおよびsrc/backend内の不要な一時ファイル、ログ、アーカイブを削除。
- merge: デタッチドHEAD状態の成果をマスターに統合準備。